Analiza próbek pod kątem mutacji koronawirusa: ile badamy w Polsce i czy to wystarczy

Najpowszechniejszym wariantem wirusa SARS-CoV-2 w Polsce jest teraz brytyjska mutacja - informują ostatnio lekarze i przedstawiciele rządu. Lecz na ile dokładnie wiemy, jak często występuje ona wśród zakażonych? O tym m.in. rozmawiano w programie "7. dzień tygodnia w Radiu Zet" 21 marca. Podczas dyskusji posłanka i była wicepremier Jadwiga Emilewicz powiedziała: "Na pewno każdy wymaz, który był robiony, sprawdzający obecność wirusa, był znakowany także jaka to jest odmiana". I dodała: "Dziś wiemy, że prawdopodobnie około 80 procent nowych zachorowań to jest właśnie ta nowa odmiana brytyjska".

Na to szybko zareagował na Twitterze poseł PO i były minister zdrowia Bartosz Arłukowicz. "Pani Emilewicz po prostu nie ma wiedzy twierdząc w @7DzienTygodnia @Radio_ZET, że każda dodatnia próbka jest badana w kierunku mutacji. A więc nie jest. Mamy 8 laboratoriów do badania mutacji. @NFZ_Centrala nie płaci za te badania. Czekają w gotowości. Koszt ok 1,5 tys. Mogą badać" - napisał.

O 80-procentowym udziale mutacji brytyjskiej koronawirusa w Polsce informował 20 marca na Twitterze minister zdrowia Adam Niedzielski. Pisał, że wypiera ona inne warianty wirusa. Trzy dni wcześniej mówił dziennikarzom, że brytyjska mutacja jest główną przyczyną przyspieszenia epidemii COVID-19 w Polsce

Skąd jednak wiemy o tym, jak wysoki jest udział brytyjskiej mutacji wśród zakażeń? Czy rację ma posłanka Emilewicz, czy poseł Arłukowicz, jeśli chodzi o odsetek badanych próbek? Sprawdziliśmy.

Od 24 lutego do 24 marca w Polsce przeprowadzano dziennie średnio 62 tys. testów wykrywających zakażenie wirusem SARS-CoV-2. Od lutego liczba testów rosła. 3 lutego wykonano ponad 47 tys., a 24 marca Ministerstwo Zdrowia informowało o zbadaniu blisko 96 tys. próbek w ciągu doby. Od pierwszych dni lutego rośnie również liczba pozytywnych wyników badania. 3 lutego 6,8 tys. testów dało wynik dodatni, co stanowiło 14,4 proc. wszystkich. 24 marca pozytywny wynik miało blisko 30 tys. próbek - czyli 31,3 proc. wszystkich.

Jadwiga Emilewicz nie miała racji. W odpowiedzi na pytanie Konkret24 biuro komunikacji Ministerstwa Zdrowia poinformowało, że obecnie ok. 1 proc. próbek badany jest pod kątem mutacji. "Próbki są pobierane przez stacje sanitarno-epidemiologiczne oraz przez prywatne laboratoria diagnostyczne" - informuje Joanna Koc z biura komunikacji. Badania w kierunku mutacji polegające na przeprowadzeniu tzw. sekwencjonowania genomowego NGS są wykonywane w ośmiu laboratoriach. Ich lista jest na stronie projektu "SARS-CoV-2 w Polsce".

W ramach tego projektu Małopolskie Centrum Biotechnologii we współpracy z Agencją Badań Medycznych prowadzą monitoring zmienności oraz ewolucji wirusa SARS-CoV-2 w Polsce. Informacje o stwierdzonych sekwencjach są publikowane w międzynarodowej bazie GISAID.

Kto decyduje, które próbki zbadać pod kątem mutacji? "Ponieważ chcemy wiedzieć, jaka jest dystrybucja poszczególnych wariantów, próbki pobierane są losowo z różnych części Polski, równomiernie na poszczególne województwa" - wyjaśnia Joanna Koc. Dodaje, że do analizy włączane są próbki szczególnie intrygujące, pochodzące np. od osób z ponowną infekcją czy od osób po szczepieniu, które mają jednak pozytywny wynik testu na koronawirusa.

Badania pod kątem mutacji są drogie. Koszt wykonania jednej analizy to ok. 800 zł brutto za próbkę. Badania są finansowane ze środków Agencji Badań Medycznych.

"W doborze próbek do oznaczeń opieramy się o ich jakość" - wyjaśnia w e-mailu do Konkret24 biuro promocji i komunikacji Agencji Badań Medycznych. Informuje, że w ramach województwa wybierane są próbki o najniższej wartości Ct. Oznacza to próbki z potencjalnie wyższą zawartością wirusowego RNA. Agencja potwierdza, że do analizy włączane są próbki, w których występowanie mutacji jest prawdopodobne, np. od osób z ponowną infekcją lub z infekcją wykrytą po zaszczepieniu.

Jednocześnie Agencja Badań Medycznych potwierdza, że ok. 1 proc. próbek pobieranych w Polsce w celu wykonania badań w kierunku SARS-CoV-2 jest sprawdzane pod względem konkretnej mutacji wirusa, ale dodaje: "Docelowo w projekcie przewidziane jest 5 proc. w skali kraju"

Zapytaliśmy Ministerstwo Zdrowia, czy rzeczywiście planowane jest zwiększenie liczby badanych próbek. "Są takie plany. Natomiast w pierwszej kolejności powstaje sieć dystrybucji materiału do badań. Jest to niezbędne, aby iść dalej" - odpowiedziała Joanna Koc z biura komunikacji.

Czy badanie zaledwie 1 proc. dodatnich próbek wystarczy, by ustalić, w jakiej skali występuje dana mutacja wirusa na terenie całego kraju?

- Jeżeli testy w Polsce liczymy w dziesiątkach i setkach tysięcy dziennie, ​a pozytywnych wyników w ostatnich dniach mamy powyżej 10 tysięcy, to badanie jednego procenta z nich jest wystarczające do oszacowania występujących wariantów wirusa - odpowiada dr hab. inż. Paweł Łabaj z Małopolskiego Centrum Biotechnologii. Tłumaczy, że takie możliwości daje statystyka i przypomina, że także sondaże wyborcze są przeprowadzane na stosunkowo niewielkiej liczbie ankietowanych, a dają reprezentatywne wyniki dla całego kraju.

W rozmowie z Konkret24 dr hab. Maciej Grzybek, profesor Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego (GUMed) i koordynator centrum testowego COVID-19 w Instytucie Medycyny Morskiej i Tropikalnej GUMed, podkreśla, że Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) i Europejskie Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób (ECDC) jasno wskazują: by śledzić dobrze rozwój mutacji wirusa, powinno się poddawać sekwencjonowaniu między 5 a 10 proc. izolatów uzyskanych od osób zakażonych. - To pozwoli uzyskać realny obraz rozwoju wirusa - mówi prof. Maciej Grzybek. - Oczywiście, takie badania wiążą się z ogromnymi kosztami, sekwencjonowanie nie jest metodą tanią - dodaje.

Zalecenie sekwencjonowania co najmniej 5 proc., a najlepiej 10 proc. pozytywnych wyników badań jest w komunikacie Komisji Europejskiej "Wspólny front do walki z Covid-19" z 19 stycznia 2021 roku.

Profesor Grzybek tłumaczy, że skupienie się na analizowaniu prób od pacjentów, którzy mają reinfekcje oraz infekcje poszczepienne, jest właściwą strategią. - Pamiętajmy, że skuteczność szczepienia to około 95 procent. Jeżeli dojdzie do łagodniejszej infekcji, nie ma dużego problemu. Jeśli jednak przebieg choroby jest ciężki, należy się zastanowić, czy nie mamy do czynienia z bardziej zjadliwą mutacją - wyjaśnia. Według prof. Grzybka uwagę trzeba zwracać na ciężkie przebiegi choroby. - Należy się wówczas zastanowić, czy ciężki przebieg jest wynikiem predyspozycji danego pacjenta, czy większą zjadliwością wirusa - mówi.

- Wiedza o różnych mutacjach koronawirusa daje pewien pogląd na to, skąd mutacje się biorą - mówi prof. Michał Witt, dyrektor Instytutu Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk. Wyjaśnia, że chodzi o wgląd w migracje i w ślady migracyjne, które powstają w populacji. Wiedza o występowaniu konkretnych mutacji pozwala na odtworzenie historii występowania wirusa na terenie Polski i jego ewolucji. Daje również potencjalnie wiedzę o tym, jakie szczepionki powinny być używane. - W tym momencie wszystkie szczepionki dostępne na rynku działają najprawdopodobniej na wszystkie istotne ilościowo warianty mutacyjne wirusa - podkreśla prof. Witt. Według niego sekwencjonowanie próbek jest wciąż konieczne. - Nigdy nie wiemy, co się stanie w najbliższej przyszłości. Warto być przygotowanym - stwierdza.

Profesor Witt podkreśla, że Instytut Genetyki Człowieka PAN deklarował gotowość do wykonywania zadań w zakresie ustalania mutacji koronawirusa. - Kontaktowaliśmy się z Ministerstwem Zdrowia i Ministerstwem Nauki, ale nikt nam nie odpowiedział - kwituje.

Informacje o mutacjach pozwalają ustalić, gdzie jaki wirus występuje, gdzie występuje w groźniejszej mutacji, gdzie są jego ogniska i jak bardziej ekspansywne typy wirusa wypierają inne typy SARS-Cov-2. - Dzięki sekwencjonowaniu można śledzić mutacje wirusa, a nawet przewidywać, w którym kierunku te mutacje podążają - mówi Rafał Halik, epidemiolog z Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego – Państwowego Zakładu Higieny. Wyjaśnia, że ta wiedza może być istotna nie tylko dla badań na temat COVID-19, ale i dla leczenia tej choroby oraz dla opracowywanych szczepionek.

Rafał Halik podkreśla jednocześnie, że wykrycie zakażeń wirusem w groźniejszym wariancie, np. brytyjskim, może oznaczać zwiększanie się współczynnika reprodukcji wirusa i konieczność zastosowania nowych reżimów sanitarnych. Pojawienie się wirusa w groźniejszym wariancie, np. wirusa brazylijskiego P1, przeciw któremu szczepionki są nieco mniej skuteczne, oznaczałoby, że szczepieniami należy objąć jeszcze więcej Polaków. - Sekwencjonowanie to też ważna informacja klinicystyczna. Przebieg infekcji wirusem w wariancie brytyjskim jest nieco odmienny - mówi Halik.

Profesor Maciej Grzybek dodaje, że wiedza o występowaniu mutacji SARS-CoV-2 pozwala odpowiedzieć na pytanie, czy i w jaki sposób wirus się zmienia. - Będziemy wiedzieć, w jakich miejscach dochodzi do zmiany, czy wirus mutuje w kierunku większej zakaźności czy zajadliwości - wyjaśnia. Wiedza o nowych mutacjach daje też odpowiedź na pytanie, czy produkowane i podawane szczepionki będą przed nimi chronić.

- Pocieszające jest to, że na pewno podawane teraz szczepionki chronią przed mutacją brytyjską - mówi prof. Maciej Grzybek. Wspomina również o mutacji afrykańskiej, bardziej zjadliwej. - Wiemy, że występowała na wschodzie kraju, była odnotowana też w Gdańsku i Krakowie. Należy się spodziewać, że będzie się rozprzestrzeniać - dodaje. Odpowiedzią na te wyzwania jest dalsze sekwencjonowanie próbek i to na szerszą skalę. - Na razie mamy tych sekwencji za mało, powinniśmy dążyć do zwiększenia liczby badanych próbek. Wymaga to finansowania i rozwiązań systemowych - stwierdza prof. Maciej Grzybek.

Autor: Krzysztof Jabłonowski / Źródło: Konkret24; Tvn24.pl; zdjęcie: PAP/Wojtek Jargiło